Разработанная в Лос-Аламосской лаборатории программа Sequedex научилась распознавать ДНК вирусов

21:56 02.12.2014 |   1336



Созданный учеными алгоритм идентификации фрагментов ДНК по филогенетическим признакам резко сокращает затраты времени.

Новая версия программы Sequedex, разрабатываемой специалистами Лос-Аламосской национальной лаборатории, умеет распознавать ДНК вирусов, грибов, бактерий и прочих патогенов, принадлежащих любым ветвям филогенетического дерева.

Созданный учеными алгоритм идентификации фрагментов ДНК по филогенетическим признакам резко сокращает затраты времени. По оценкам авторов, Sequedex работает в 250 тысяч раз быстрее, чем часто используемые программы пакета BLAST. Вычисления можно проводить на обычном персональном компьютере.

В одном из экспериментов с помощью Sequedex была проведено определение последовательностей вируса бешенства, содержавшегося в образцах крови, доставленных из Африки. Для идентификации вируса потребовалось примерно полдня, тогда как работа традиционными методами отняла бы несколько недель.

Sequedex анализирует короткие последовательности ДНК и связывает их с филогенезом — положением данного фрагмента на эволюционном филогенетическом дереве — и с его известными функциями. В базе данных программы хранится большое количество ранее идентифицированных фрагментов. Даже если образец для анализа взят у организма, о котором программа еще не знает, принципы эволюционной генетики позволяют с большой вероятностью определить, к какому семейству он принадлежит и за какие функции отвечает.


Теги: Большие данные ДНК


На ту же тему: